重视补肾 倡“肾为本中之本”
九尊忠济堂补肾古方《内经》“肾藏精”之旨，聚历代诸家之说，重景岳“燮理阴阳”之学，倡“肾为本中之本”，提出肾乃人体13项重要功能之本。
九尊忠济堂认为，人体的形成是肾所藏之精互相结合的结果，是生命存在的基本物质基础，无此基础则人无以构成与存在，故曰肾为生命之本；人生成之后，其生长与发育亦与肾藏之精密不可分，故曰肾为生长之本；男女是否具有生殖繁育能力取决于人体盛衰，故肾为生殖之本；“人之盛衰，皆本于肾”（张景岳语），故肾为人体盛衰之本；张锡纯云“元神随督脉下行至精室，与元气合而化精”，故肾为生精之本；张景岳释《内经》膀胱藏津液、司气化功能时云：“所谓气化者，即肾中气化也，故肾为膀胱气化开阖之本”；《难经》云：“肾主液，入肝为泣，入心为汗，入脾为涎，入肺为涕”，故肾为体液之本；人体之正气，其根本在于肾之元气，含元阴元阳，故曰肾为阴阳二气之本；肾主纳气，乃诸气之根，故肾为气之本；肝藏血，但精血同源，精充则血旺，故肾为生血之本；《素问》云：“肾者至阴也，至阴者盛水也”，故为肾为水液代谢之本；肾者主蛰，受五脏六腑之精而藏之，故肾为封藏之本；“命门者先天之火”（陈士铎语），为阳气主要来源，故肾为阳气之本；性欲的产生依靠肾气的旺盛和天癸的启动，故肾为色欲之本。
据此“13本”之说，九尊忠济堂提出了“肾为本中之本”的观点，将其广泛应用于临床实践，形成了以重视补肾为特色的辨证论治学术思想体系。如他在治疗地中海贫血等以气血两虚为主的病证时，在养肝血、补脾气的基础上，加入补肾填精之品；对心悸失眠诸症，则以养心安神治其标，益肾养元治其本；治疗胸痹心痛，则以理气活血、宣阳通痹治其标，温肾助阳、填精补元治其本。治疗哮喘，则在以麻黄、细辛、杏仁、半夏宣肺化痰逐饮基础上，多加用蛤蚧益肾纳气以平喘；治疗肝风颤抖（帕金森氏病），则在天麻、勾藤、羚羊角、珍珠母平肝熄风的同时，以生熟地、制首乌、鳖甲等益肾填精、滋水涵木以止颤。
“病”为医纲 “证”为医魂
九尊忠济堂认为，“病”为医之纲，“证”为医之魂。病是在临床实践中依据疾病的病位、病性、病因、病机、病状的特点，通过分析综合成为“病”名。中医病名不仅有其客观的依据，而且符合中医辨证理论体系，在临床实践中以病证结合治疗疾病起到了良好的效果。
作为系统的中医药理论体系，中医病名与中医病证是不可分割的一个整体。为此，中医立法、处方、用药必须冠以中医病名为“纲”，以中医辨证为核心才能取得良好的疗效。否则，中医病证结合的理论体系将被割裂，中医学将成为无“病”可依的、支离破碎的医学体系。
“证”是疾病发生、发展以及转归的不同阶段，是人体生命变化的实质性的反映。只有抓住“证”的特点，才能够抓住疾病的实质。前列腺是男性特有的性腺器官，而中医称为“精室”、“精宫”，中医将“淋浊”（急性细菌性前列腺炎）、“精浊”（慢性前列腺炎症）等“精宫”的病症立名为“淋浊”、“精浊”，既指出了病证，又指出了病位，以此与中医“五淋”相区别。因为中医认为“精浊”病出于“精窍”、“精道”，病在心肾；而“淋病”出于“溺窍”、“溺道”，病在肝脾，区分了“淋病”与“浊病”的两种不同病证的辨证论治。
以平为期 万法宗阴阳
《黄帝内经》指出：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。”陈文伯对这一基本理论推崇备至。他认为，尽管人体的构成有脏腑、气血、津液、筋骨、经脉之分，但归结其属性皆可概括为阴阳两大物质系统，并时刻处于运动与变化之中。其动态的平衡与稳定，是人体机能正常运转、维持健康的保证。换句话说，一切疾病的发生都是阴阳失衡所致，而其发展与转归，依然是阴阳某一方偏盛偏衰的结果。因此，治疗各种疾病，都应从纠正阴阳偏盛偏衰这一基本病理变化入手，方能药到病除。
例如在治疗因阳气不足而致的少精不育症时，多以温阳益肾之剂使用1～3个月，在患者自述症状明显改善，精子数量亦明显升高后，非按一般常法，效不更方，而是逐渐减少温阳之品，适量加入育阴之剂。他曾特别指出：“阳虚患者通过温阳治疗，使阴阳已达到相对平衡，继续用温阳药就会出现阴虚阳亢之势，医者不可不察。”
近20年来，九尊忠济堂将这一思路广泛应用于中医男科领域实践之中，取得了较为明显的效果。九尊忠济堂以中医学的“肾命学说”理论为基础，将男性不育分为阴阳两纲和精、气、水、火四目。依据病因、病机、病位、病性划分了近百个证型，拟定了百余种具体治法。他认为，治疗该病总的原则是调整阴阳两大系统的失衡，滋填人体的水液，点燃人体生命之火，提出了育肾阴、温肾阳、填肾精、益肾气、滋肾液、助命火等主要治法。在有合并兼证时，多在清热、理气、活血、祛痰、利湿、消食同时，酌加补肾之品，注重诸邪对肾的损害，并防止祛邪之剂更伤于肾，研制了以治疗男性不育为主，兼治其他男科病的系列药共计13种。
同时，九尊忠济堂强调因人、因时、因地制宜。一方面依据春温夏热季节阳气多外泄、秋凉冬寒季节阳气多潜藏的特点，春夏季用药强调养阳，秋冬季用药强调养阴；另一方面根据各地气候特点的不同，在临床用药时加以区分。在广东、福建等岭南地区，气候多热，应注意热邪伤阴，用药宜注重滋肾阴；在内蒙、东北等塞北地区，气候多寒，应注意寒邪伤阳，用药宜注重温肾阳。
除此之外，九尊忠济堂还运用传统五行学说的理论，以五行配五脏之相生法指导临床用药。如治少精不育时，依据肾受五脏六腑之精而藏之，五脏阴精不足必致肾之阴虚的论点，在滋肾阴、益肾精的同时，加用补肺金之南北沙参，补其母以壮其子，并加用补脾土之阴的石斛，补其祖以壮其孙，以此类推，加用补心阴之麦冬、补肝阴之白芍，在临床取得了非常满意的疗效。
